일본노회는 해외한인 장로회에 2013년에 가입 되었다. 일본노회의 시작은 1988년 한국 대학생 선교회(CCC)와 대한예수교장로회 통합교단 소속인 부산동래중앙교회 파송으로 김규동선교사는 일본 동경에서 선교사역을 시작한다.
1988년 10월에 동경신주쿠에 위치한 당시 일본기독교단소속의 요도바시교회에 요도바시교회 한국부를 설립하여 한국인 유학생과 일본 주재원 16명으로 시작하였다. 요도바시교회는 일본에서 적극적으로 신사참배 반대운동을 한 일본의 복음주의의 중심교회이며 한국의 복음주의 교회 교단과 교회들과의 좋은 교류를 하는 한국에 대해 열린 교회이다.
그후 요도바시(淀橋)교회의 “요”와 한국부의 ”한”의 단어를 사용해 “요한”이라는 용어를 사용했고 요한동경기독교회로 독립하게 되었다.
1995년 10월 요한와세다기독교회 11월 오늘의 교회가 개척되었다.
1996년 5월에는 신학교인 일본선교신학원(JMTS) 전신인 JMTC(일본선교센터)가 한국의 GMF 산하 단체인 GMTC원장이신 이태웅 박사와 교수님들의 도움으로 일본선교를 위한 신학 교육기관이 세워지게 되었다.
1996년 10월에는 오사카에 교회개척이 시작되었고 1998년 김규동목사의 극좌파 테러 사건을 경험하면서 한 교회가 성장하는 것도 중요하지만 교회 개척의 중요성을 깨닫게 되어 일본전국의 신칸센이 다니는 도시의 캠퍼스 주변의 교회개척이 적극적으로 시작되었다.
2001년에 나고야, 요코하마
2002년에 히로시마, 우츠노미야
2003년에 사이타마, 쿄토
2004년에 오카야마, 시즈오카
2005년에 치바, 하치오지, 코오리야마
2006년에 고베, 기타큐슈, 하마마츠, 미타카
2007년에 나라, 고후
2008년에 가나자와, 야마가타, 니시노미야, 츠쿠바
2009년에 오이타, 니가타
2010년에 사가미하라
2011년에 나가사키
2012년에 히라카타, 아키타, 에히메
2013년에 아츠기, 마츠모토
2014년에 기후에 교회가 개척되었다
2013년 5월에 해외한인 장로회(KPCA)에 가입되었고 KPCA일본노회 소속으로 활동하게 되었다.
2014년 김규동목사의 사임으로 신학원, 노회, 일본의 종교법인, 한국의 사단법인 등의 직책을 내려놓음으로 12여명의 시니어 선교사들과 주니어 선교사들이 협력하여 분담사역을 하게됨으로서 리더들이 계속 세워지게 되었다.
어려움을 극복하는 과정속에서도 교회개척은 계속되었다
교회 개척 중 현재 일본노회소속으로 있는 교회는
2015년 토야마 호산나 그리스도교회
2017년 동경타마교회
2018년 인도네시아의 일본어예배
2019년 동경 그레이스 그리스도 교회
2020년 동경 아가페 그리스도 교회
2021년 동경 올리브하우스 교회
2022년 동경 활수 기독교회
2024년 나가레노 호토리 그리스도교회가 개척되었다.
일본노회는 사역자 양성을 신학교를 통해 진행하고 있다.
전도와 양육에 어느정도 몸에 밴 사람들이 헌신을 하게되고 졸업후에 일본노회내 교회에서 사역하다 개척을 떠나게 된다.
또한 담임목사가 후임 사역자에게 사역을 맡기고 개척을 떠나는 흐름도 있다.
그리고 일본외의 나라에서 일본인 예배를 시작한 교회도 있고 시작하려는 사역자도 준비되고있다.
2023년 6월에는 일본의 복음주의 교단모임인 일본복음동맹에 가맹하여 일본 복음주의 교단과 협력하고있다.
일본노회는 선교협력을 가장 중요시하고 있다.
선교지인 일본에서 일본교단과 선교단체와의 협력이 너무 중요하기 때문이다.
일본노회는 한국인, 일본인, 중국인 목사님들이 일본어로 협력하며 사역하고 있다.
일본노회 회의 및 신학교육도 물론 일본어로 진행되고 있고 몇몇 교회는 일본어 예배와 함께 한국어와 중국어로 예배가 드려지고 있다.
부족한것이 많고 배울것이 많지만 일본선교를 통해 세계선교를 vision으로 하루하루 사역에 임하고 있다.
무엇보다도 KPCA소속교단의 노회로서 겸허하게 배우면서 함께하는데 하나님이 보시기에 충성스러운 노회가 되도록 노력하겠다고 다짐해 본다.